在功能基因組研究中,基因組數據僅能提供生物潛能的靜止信息,通過轉錄組和蛋白質組數據可以得知基因的表達和調控和生化反應發生的原因,而代謝組才是這一系列時間的最終結果,這些小分子代謝物的產生和代謝能夠更準確的反映生物體系的狀態或表型。基因組和蛋白組數據僅僅表明生理變化的可能,因為許多代謝途徑不是簡單由蛋白濃度和基因表達量決定的。而細胞、組織或器官中小分子代謝物的量和動態變化確實時反映了生理調控過程的終點。所以,代謝組是生物學研究的“終點”,代謝組學分析所獲得的數據與生物的表型或整體狀況的距離最近,是生物學現象的最直接表現,對代謝組的研究至關重要。
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