兩者之間最大的區別在于所謂來源的不同，一種是從天然物質中提取的，如甜菜堿可以從甜菜制糖以后的糖渣中進行提取，這也是甜菜堿得名的由來;另一種是化工合成的，用到的主要原料為氯乙酸和三甲胺。有人認為天然的物質就是好的，其實這里面存在著很大的偏見，拿天然甜菜堿來說，從糖渣中提取甜菜堿的過程本身就是一個工業加工過程，免不了使用萃取劑等一些化學原料。從本質上來講兩者是完全相同的，分子式都是C5H11NO2，如果兩種產品都能做到百分之百的純品，那從理論上講它們是毫無差別的。現實中，無論天然甜菜堿抑或是合成甜菜堿都做不到百分之百的純度，所以，質量的好壞關鍵在于控制環節。舉例來說，我們出口到美國的醫藥級甜菜堿就是化工合成的，而國外一些天然甜菜堿只能作為飼料添加劑來使用，而達不到醫藥級標準。所以說關鍵在于重金屬、副產品、有毒有害物質的控制，而不是來源。

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