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豬藍耳病病毒造成的腹瀉，與傳胃—流行性腹瀉區別明顯。

1、自繁自養豬場藍耳病，排除外源感染，首先侵害的是單一群體，不大可能種豬、哺乳小豬、保育豬、育肥豬同時發病，而且發病也是漸進性的。以窩為單位存在群差異，一般一或二胎或高齡嚴重。同窩存在個體差異，發病有先后，癥狀有輕重，與個體抵抗力差異有關。個人認為，豬場藍耳壓力與豬群發病有相關性，先兆癥狀是母豬孕期莫名其妙7天不食（原因不明），或生產前后不食（與應激有關）；哺乳小豬日齡越早腹瀉表示豬場藍耳壓力越大。最早的一出生即腹瀉，可能與胎盤感染有關；7-10天或斷奶前后發生，疑是出生后感染、母源抗體不足；保育期或其后發生，疫苗免疫有問題。保育豬問題嚴重，應謹惕豬藍耳病，不應糾結霉菌毒素。

2、季節性區別。夏、秋季發生傳胃-腹瀉幾乎不大可能，而且傳胃-腹瀉全場感染明顯。3、疾病時長。對于超過15天、綿延數月的腹瀉，傳胃-流行性腹瀉不可能，藍耳病極  

4、藍耳造成的腹瀉一般有40-41℃體溫特征，與一般腹瀉有明顯區別。大腸桿菌、球蟲、霉菌毒素、母豬內毒素腹瀉體溫不升高。偽狂犬性腹瀉雖有體溫升高，但四肢劃水、嘴角流涎明顯，而且一周內癥狀、死亡嚴重，幾乎100%；斷奶后，只是影響生長，表現毛長、咳嗽。豬瘟腹瀉多是僵豬癥狀，散發為主，便秘腹瀉交替、包皮積尿、眼屎，一周后癥狀越來越嚴重，區別藍耳病可能自我耐過。

豬圓環病毒腹瀉與生長-育肥豬有關，這點容易區別哺乳仔豬的腹瀉。