有機肥料含有大量的有機質(zhì)，具有明顯的改土培肥作用；化學(xué)肥料只能提供作物無機養(yǎng)分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越種越饞”。
有機肥料含有多種養(yǎng)分，所含養(yǎng)分全面平衡；而化肥所含養(yǎng)分種類單一，長期施用容易造成土壤和食品中的養(yǎng)分不平衡。
有機肥料養(yǎng)分含量低，需要大量施用，而化學(xué)肥料養(yǎng)分含量高，施用量少。
有機肥料肥效時間長；化學(xué)肥料肥效期短而猛，容易造成養(yǎng)分流失，污染環(huán)境。
有機肥料來源于自然，肥料中沒有任何化學(xué)合成物質(zhì)，長期施用可以改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)；化學(xué)肥料屬純化學(xué)合成物質(zhì)，施用不當(dāng)能降低農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)。
有機肥料在生產(chǎn)加工過程中，只要經(jīng)過充分的腐熟處理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農(nóng)藥的使用量；長期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化學(xué)農(nóng)藥維持作物生長，容易造成食品中有害物質(zhì)增加。
有機肥料中含有大量的有益微生物，可以促進土壤中的生物轉(zhuǎn)化過程，有利于土壤肥力的不斷提高；長期大量施用化學(xué)肥料可抑制土壤微生物的活動，導(dǎo)致土壤的自動調(diào)節(jié)能力下降。
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