在普通豆粕中，含有的胰蛋白酶抑制因子、植酸、低聚糖和非淀粉多糖等。
胰蛋白酶抑制因子鏈環結構中暴露的氨基酸殘基(活性部位)能夠與胰蛋白酶中的氨基酸發生絡合作用，使蛋白酶失去酶解能力，抑制胰蛋白酶的活性。
另外，大豆中含有的植酸也能和蛋白質的堿性殘基結合，抑制胰蛋白酶活性。低聚糖和非淀粉多糖也是豆類的重要組成部分，它們能粘結魚類的膽汁酸，降低消化酶活力，能夠粘合魚類腸內的礦物元素，進而阻礙營養物質在腸內的運輸。
相比于普通豆粕，發酵豆粕的優點就在于發酵過程中去除了大部分的抗營養因子，以及大分子蛋白質被水解為小分子蛋白質、肽類和游離氨基酸，使其適口性和營養價值都得到極大改善。有研究發現發酵能使大豆內部主要結構發生生化反應致其可溶性及體外消化率明顯得到提高。程秋根等報道，去皮豆粕經發酵后，草魚對其蛋白質的離體消化率比發酵前提高23.15％。