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常見的固體發酵菌種有細菌類和真菌類，細菌類主要有芽孢桿菌、乳酸菌；真菌類主要有酵母菌和霉菌（根霉、毛霉、木霉、曲霉）。

發酵菌種的劑型主要有液體和固體2種。一般來說，大多數純培養的發酵劑采用液體劑型，菌種的生產是從斜面，菌種活化、三角瓶、小型種子罐到大型種子罐，然后用于生產發酵。固體劑型的菌種主要是曲種，按傳統固體制曲技術制作。不同微生物對營養物質的各種理化因子要求不同，而發酵過程是一個動態過程，不會維持某一個恒定的狀態，因此，目前常見的豆粕固體發酵是由多種微生物共同協同或按順序進行的。

開始發酵時，表層的低溫耗氧微生物，例如芽孢桿菌和酵母菌等，開始大量繁殖，導致發酵料溫持續上升和氧氣的減少，為厭氧微生物的生長提供了條件，有機會大量繁殖，例如像乳酸菌等兼性厭氧微生物，發酵產酸，致使發酵物料pH值下降，抑制雜菌生長，使得嗜酸性微生物大量繁殖。另外采用多菌種協同發酵，是考慮到芽孢桿菌、霉菌、酵母菌和乳酸菌等具有各自獨特的發酵性質，如芽孢桿菌因為芽孢的存在使得耐受性極強，可以保證大量繁殖；酵母菌菌體本身蛋白質含量高，氨基酸組成合理，而且極易利用非蛋白氮合成優質的酵母菌體蛋白，提高蛋白品質；乳酸菌在發酵過程中由于其產酸作用，能降低物料pH值，抑制雜菌滋生，同時改善物料風味和適口性。實際生產中，如何對各菌種進行組合，進行優勢互補，對于進行一個高品質的發酵極為重要。