盡管這次轉基因水稻的研發單位聲稱農業部頒布安全證書的兩種轉基因水稻是完全自主知識產權的，但是綠色和平組織披露：據綠色和平組織的調查，張啟發研究的轉基因抗蟲水稻Bt63涉及多項國外專利。“轉基因抗蟲水稻Bt63在研發過程中，至少涉及到11 項國外專利。這些專利包括了技術(如合成植物基因和準備方法(EP0413019)等)與基因(如合成殺蟲晶狀蛋白質基因(US5380831)等)。這些專利都在包括美國、歐盟、日本與中國在內的國家和地區注冊。專利持有人包括孟山都(Monsanto，美國)，拜耳作物科學(Byer Cropscience，德國) 和先正達(Syngenta，瑞士)等國外生物科技公司與科研機構。”（來源：綠色和平，2008年4月，國外專利陷阱中的“中國”轉基因水稻）
據第一財經日報報道，“孟山都公司方面披露，2009年下半年在華中農業大學設立了100萬元人民幣的獎學金，鼓勵該校學生從事生物科技研究，同時與華中農業大學結成更加緊密的合作關系，在新基因的探索上合作。” 國家環境保護部南京環境科學研究所生物多樣性首席專家薛達元說：“一個課題組乃至一個國家取得一項技術的成功，可能使用了國外的許多相關技術，就轉基因而言，一個轉基因作物的成功研究，可能涉及30多個專利技術，而這些技術可能由多個國家的科學技術人員或公司所擁有。目前，我國具有自主知識產權的功能基因并不多，有些轉基因研究確實使用了其他國家和國外大公司研究機構所提供的基因材料。”
面對質疑，張啟發所在的華中農業大學回應：“通過專利授權檢索我們發現，該報告指稱的12項國外專利，有4項在中國提出了專利申請，1項未獲授權……在授權的3項中，1項公告號為CN1263946的‘合成殺蟲晶體蛋白基因’發明，將于2009年在中國過期失效。……另2項專利的權利內容，和我國自主研發的Bt轉基因抗蟲水稻采用的技術、方法、材料完全不同……”（第一財經日報）
對此做過深入分析的郎咸平先生在廣東衛視的《財經郎眼》節目中指出：“整個轉基因水稻的研發流程，是孟山都等公司規定好的流程，你一定要按照這個流程走……” 節目中李銀指出：“孟山都跟湖南大學、華南農業大學，包括先正達、拜耳、杜邦，他們都紛紛跟中國的科研機構合作，這個過程就有陷阱在產生，為什么，它的試驗的品種，植株是孟山都他們提供的，比如第一代轉PEPC基因的水稻，是美國大學研究出來的，第二代的轉基因水稻Xa21，這個型號是美國的實驗室出來的，它們都會受到一個叫做《材料轉移協議》的保護，這個協議看起來好像不是專利申請的那種保護，但是你要知道，中國的研究機構跟他們簽這個協議的時候是必須要簽的，這表示什么呢？這個科研材料在科研的時候可以無償使用，一旦商業化，它必須再跟孟山都等提供植株的公司再談判，談判的過程中要保證提供方的經濟利益。”
即便真如張啟發所言，他們采用的國外專利技術要么在中國沒得到授權，要么會很快過期，但是綠色和平也指出“與專利相比，……《材料轉移協議》在材料原產國和接收國家皆有效，而且該類協議對所涉及材料的所有權幾乎沒有設定時限。”孟山都等公司于華中農業大學合作的報道屢見于報端，Xa21即使不同，也是來自于美國的大學，這些張啟發都沒法否認。目前農業部批準的兩種水稻還只是試驗階段，一旦開始商業化推廣，《材料轉移協議》的談判結果會是怎樣尚未可知。盡管2009年7月9日，孟山都公司大中華區總裁Mike Frank接受采訪時宣稱“孟山都不會向中國農民收取轉基因種子專利費。”（http://www.patent.com.cn/info/2009/0713/198.html）但同樣的甜言蜜語，孟山都卻欺騙了阿根廷農民。恩道爾在《糧食危機》中披露，上世紀90年代阿根廷開始種植轉基因大豆，后來發展到阿根廷99%的大豆都是孟山都的轉基因大豆，孟山都公司完全控制了該國的大豆生產，孟山都公司的主要控制途徑是與阿根廷的種子公司簽訂專利使用權轉讓協議，并要求支付使用費。當華中農業大學的轉基因水稻完全商業化之后，進而擠垮中國的雜交水稻之后，孟山都完全可能通過材料轉移協議索取高額費用。
暫且不論跨國種子公司的專利陷阱將來會從中國人的飯碗里搶去多少錢，整個轉基因水稻的研發過程是循著跨國公司規劃好的路徑，這個成果有沒有可能是別人的基因武器呢？完全有可能的。美國軍方早在二戰結束時，就從臭名昭著的日本帝國主義的731部隊那里秘密接手了他們在中國搞生化武器的全部資料，可以說美國滅亡中國是圖謀已久。“橘生淮南為桔，淮北為枳”，同樣的東西美國吃了可能沒事，但并不能保證中國人吃了也沒事。何況美國已經掌握了中國人的全部基因組，如果美國的統治精英做好了滅亡中華民族的準備，他們只要在整個研發過程的某個小片段或者某個基本元件材料上做點手腳，就完全可能導致整個中華民族的種族滅絕。
當然，這個都是邏輯上的假設推斷，不能依此判斷轉基因就是美國的生化武器。但同樣的，也不能把美國宣稱轉基因是安全的這一結論，作為判斷中國轉基因食品安全的依據。在關系民族生死存亡的大問題上，任何輕信、武斷都是要不得的。中國的轉基因食品是否安全，必須針對中國人自身進行長期而充分的檢驗、檢測和臨床試驗觀察。保住了18億畝的土地紅線，中國現在并不存在大米緊缺的情況。沒必要為了目前的一點蠅頭小利，拿中華民族的存亡作抵押，筆者完全支持國家繼續加大人力物力搞好轉基因作物的研究、試驗。
附文2：
神秘的國家農業轉基因生物安全委員會
第一屆國家農業轉基因生物安全委員會（以下簡稱安委會）是在原農業生物基因工程安全委員會的基礎上成立的，農業部副部長張寶文擔任主任。第一屆安委會由58名專家組成，涉及農業轉基因生物技術研究、生產、加工、檢驗檢疫、衛生、環境保護、貿易等多個領域，負責安全評價評審、技術咨詢及技術指導工作。安委會任期3年。
“58人組成的負責發放轉基因安全證書的國家農業轉基因生物安全委員會中，三分之二是轉基因科學家，里面涉及的多人是正在申請專利和申請通過者，環保和食品安全方面的成員非常少，只有幾個人。”（來源：《南方周末》 2004年12月09日）
上海農業信息有限公司網站有一個《關于成立第一屆國家農業轉基因生物安全委員會的通知》（2002年5月21日），通知中附有第一屆安委會成員名單，但此網頁已經被刪除，百度快照中仍可看見，附件無法下載。
2005年6月22日，農業部在北京召開第二屆安委會成立大會。農業部副部長、第二屆安委會主任張寶文，以及國家農業轉基因生物安全管理部際聯席會議成員單位領導和第二屆安委會委員出席了會議。第二屆安委會成員有74名，增加了食用安全、環境安全、技術經濟、農業推廣和相關法規管理方面的專家。
第二屆安委會的名單在網上搜索不到，只能在專家的簡歷和相關報道中零星找到。
根據農業部網站《農業部辦公廳關于召開第三屆農業轉基因生物安全委員會成立暨2009年第三次農業轉基因生物安全評審會議》，2009年12月4-6日，農業部在北京召開第三屆安委會成立大會。這個通知本來有附件（百度快照中有“附件”2字），現網頁上已經沒有顯示，但查看源文件中仍可看到。
百度搜索《農業部關于印發第三屆農業轉基因生物安全委員會組成人員名單的通知》（農科教發[2009]6號），沒有相關結果。第三屆安委會成員究竟有哪些人？在網上搜索，只找到一些零星報道：
“朱水芳所長和林祥梅副所長當選第三屆農業轉基因生物安全委員會委員
組圖：黃大昉、楊曉光、彭于發做客人民網科技”
……
從報道中我們得知，第三屆安委會成員有60名。
農業部的網站搜索下載到一個文件“全國農業轉基因生物安全管理標準化技術委員會委員名單（下載地址：http://www.agri.gov.cn/xxgkgzdt/P020080429670927134518.doc），打開文件標題上寫著附件2，顯然是作為某個文件的附件發的，文件最終修改日期為：2009年8月25日, 18:07:23。此名單剛好與網上所傳的41人名單完全一樣。根據由農業部農業轉基因生物安全管理辦公室主辦的中國生物安全網的報道，全國農業轉基因生物安全管理標準化技術委員會（以下簡稱標委會）成立于2004年11月30日，其編號為SAC/TC276。段武德任主任委員，方向東、施宗偉、彭于發、楊漢春、嚴衛星任副主任委員，李寧任秘書長，汪其懷任副秘書長，秘書處設在農業部科技發展中心。這個報道中還附有標委會名單供下載，這個名單與農業部網站的標委會名單完全一致。
標委會成員是否自動為安委會成員？從網上的報道看，我們只能知道有部分標委會成員也是安委會成員，如彭于發、楊漢春、朱水芳、李寧（中國農大）等。
綜合網上的報道，目前可以確定為第三屆安委會成員的有：黃大昉、彭于發、楊曉光、李寧（中國農大）、楊漢春、黃昆侖、朱水芳、林祥梅、王碩、劉勇、于嘉林、賴錦盛、蔣思文。
羅云波為第一屆安委會委員。李聰、吳孔明、賈士榮為第二屆安委會委員，不能確定是否連任。
據人民網科技頻道報道，2009年12月25日12：30生物技術專家黃大昉、楊曉光、彭于發做客人民網科技訪談，解讀轉基因安全證書。這三名安委會委員可以算是第三屆安委會的代表，出來跟公眾對話。但是整個安委會的名單至今沒有公布，相關網頁刪除的刪除、修改的修改，相關附件不提供或者刪除，這個安委會可夠神秘的。為什么幾屆安委會的名單都沒有公布過？