Bob Morrison認為，在美國，養殖企業沼氣工程普及率低的核心是經濟效益不明顯。他分析，目前，在美國化石能源發電成本很低(平均0.09美元/Kwh)，而沼氣發電約為0.05-0.11美元/Kwh，沒有明顯優勢。此外，還存在農場主缺乏復雜沼氣系統的操作和維護能力;廢水存在有機物濃度不足，導致沼氣發酵產氣率低;沼氣池內脫硫技術不過關，氣體中硫化氫對沼氣罐腐燭特別嚴重等問題。此外在制度方面，因美國牧場分散，獨立，發展效率高的集中式沼氣工程難，碳和綠色信用交易制度執行不充分，政府財政激勵力度不夠等問題都困擾沼氣工程的普及。