微生物飼料添加劑的主要功能是提高飼料利用率，促進生產性能提高。這主要是由于以下幾點：
第l 利用良性微生物防止畜禽腸道致病微生物的侵入。正常的消化道微生物群落靠占據致病菌的靶上皮細胞或產生一個對致病微生物不利的環境，從而起到防御疾病的屏障作用。經過長期飼喂良性微生物幾乎完全可以防止畜禽腸道致病微生物的侵入，從而促進畜禽健康和生產性能的提高。
第2 殺菌。大多數良性微生物在畜禽消化道內都可生產多種殺菌物質，乳酸桿菌還可生產足夠數量的過氧化氫以抑制各種病菌；生產有機酸(如乙酸和乳酸)也可抑制多種革蘭氏氏性病原菌的生長，其機理可能是降低了氧化還原電勢，即降低了病原菌對氧的可利用率和促進乳酸代謝活動，經常維持畜禽腸道的PH值。
第3 中和腸毒素。乳酸桿菌可以產生一種能中和大腸桿菌腸毒素的代謝物，飼喂該物的仔豬，腹瀉發病率極低，而且生長不受影響。
第4 防止毒性胺的合成。動物腸道的大腸桿菌和其它病菌對氨基酸具有脫羧作用，以致產生有毒的胺，而飼喂微生物飼料添加劑的動物，可防止這樣的毒性胺在體內形成。
第5 增強免疫作用。動物體內正常的微生物群對機體的免疫系統具有重要的刺激作用。牛奶發酵用乳酸菌，具有明顯的抗腫瘤活動。微生物飼料添加劑還具有助消化作用。