副豬嗜血桿菌的毒力因子迄今尚未搞清。血清學分型通常要考慮到與毒力的關系。用血清5、10、12、13和14型菌株經腹腔途徑感染SPF豬,其發病和病死高峰集中在4d之內,因此認為,它們強毒血清型;血清2、4和15型引起多發性漿膜炎,無死亡,為中毒力型;剩下的血清型(3、6、7、8、9和11)不引起任何臨床癥狀,為無毒血清型(Kielstein and Rapp-Gabrielson, 1992;Amano 等,1994)。從病豬呼吸道和其它部位分離到菌株,血清型別相似,有血清2、4、5、12、13和14等型。北美地區血清型流行狀態的調查結果表明,呼吸道以外部位分離到的菌株,血清型主要是1、2、4、5、12、13和14,以及許多還不能分型的。來自健康豬上呼吸道的,主要是血清3型和不能分型的。
基于重復元件的PCR(repetitive element based-PCR,rep-PCR)技術也被用于副豬嗜血桿菌的基因分型。該法先通過ERIC(enterobacterial repetitive intergenic consensus)引物擴增大小不同的DNA片段,再經電泳分離來揭示特異基因組圖譜。用這種方法進行分析,即使是相同血清型的菌株也可分辨出不同的DNA圖譜。研究發現,能致死病豬的菌株并不多,但它們都具有相似的DNA圖譜(Versalovic等,1991,1994;Woods等1993;Rafiee等,2000;Oliveira等,2003)。
進行副豬嗜血桿菌基因分型的另一種方法是PCR限制性酶切電泳長度多態性試驗(PCR-restriction fragment length polymorphism ,RELP)。運用這種方法分析tbpA(一種編碼運鐵蛋白結合蛋白的基因),從15個血清型的標準菌株分出了12個不同的DNA圖譜,其中血清5、12、14和15型標準菌株的限制性多態圖譜相同。在鑒定101個野毒株時,發現了33個RELP圖譜,其中有10個與標準菌株的相同。未發現血清型和RELP譜型間的相關性(Redondo等,2003)。