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　　首先芽孢菌的缺點除了耗氧外，還有大量消耗水體營養。如果在水體營養比例不平衡時大量使用芽孢菌，很容易導致水體營養失衡引發藻類大量死亡。所以經常能見到一些池塘，在芽孢使用不當時會出現渾濁或發黑的情況。

即使芽孢菌在水體環境中是最容易繁殖的細菌，但也會出現總群退化消亡的一天，這個時間時長時短，很難從表觀來判斷，所以我一般對養殖戶的建議是增加使用頻率，減少用量不定期使用。