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作為一種疾病存在的球蟲病主要發生在仔豬。雖然該病也見于3日齡的乳豬，但一般發生在7～21日齡的仔豬。主要臨診癥狀是腹瀉，持續4～6天，糞便呈水樣或糊狀，顯黃色至白色，偶爾由于潛血而呈棕色。有的病例腹瀉是受自身限制的，其主要臨診表現為消瘦及發育受阻。雖然發病率一般較高(50%～75%)，但死亡率變化較大，有些病例低，有的則可高達75%，死亡率的這種差異可能是由于豬吞食孢子化卵囊的數量和豬場環境條件的差別，以及同時存在其他疾病的問題所致。

豬群必須定期進行定期驅蟲，飼養過程中可適時在飼料中添加驅蟲藥進行驅蟲，對其他豬群，應每月進行1～2 次驅蟲，且每次間隔1 周。推薦使用更為安全的植物精油類產品，如桉樹精油樂暢可快速解決豬球蟲病的問題。而且樂暢是天然澳洲小桉樹提取，相比常規驅蟲藥更安全、更綠色。符合國家無抗養殖的趨勢，不會產生耐藥性。

堅持做到及時清理圈舍內的糞便、污水、墊料及污染物，確保圈舍清潔衛生。定期對舍內的地面、墻壁、圍欄各種器具進行徹底消毒, 凈化環境消滅蟲卵。特別是要加強產房環境及器具的消毒,徹底殺滅產房環境中的球蟲卵囊，以減少仔豬球蟲病的發生。無關人員禁止進入圈舍，出進入圈舍的人員及器具要先進行消毒，防止將卵囊帶入圈舍。大力滅鼠，以防鼠類機械性傳播卵囊。

實行全進全出的飼養模式, 控制好飼養密度, 加強通風。合理搭配日糧，給豬提供營養物質豐富的優質飼料，確保機體抵抗力處于高水平。