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研究：全基因組從頭測序方法為豬遺傳育種提供了基礎(chǔ)

zyx595186976 2016-9-28 10:46

1245 原作者: zyx595186976 來自: 豬業(yè)研究

簡介

四川農(nóng)業(yè)大學動物遺傳育種研究所和重慶畜科院、北京諾和致源等單位的研究人員對全基因組從頭測序方法對豬基因組變異進行了全面分析。　　

　　日前，四川農(nóng)業(yè)大學動物遺傳育種研究所和重慶畜科院、北京諾和致源等單位的研究人員合作，通過全基因組從頭測序方法對豬基因組變異進行了全面分析。

　　該研究從頭組裝了歐亞大陸9個代表性豬種(長白豬、大白豬、漢普夏豬、皮特蘭豬、巴克夏豬、梅山豬、榮昌豬、民豬、八眉豬、金華豬)的基因組序列。通過與參考基因組進行比較，發(fā)現(xiàn)鑒定了大量新的SNP和結(jié)構(gòu)變異。為豬參考基因組補充了137Mb的序列，完整組裝出1737個參考基因組中缺失的蛋白編碼基因，其中74個參與肌肉生長和脂肪沉積，76個參與免疫調(diào)控。

　　基于群體基因組重測序數(shù)據(jù)，鑒定出α蛋白激酶3基因(ALPK3)兩個緊密連鎖的錯義堿基突變(T-G和G-C)將導致蛋白相應位置氨基酸(天冬酰胺—組氨酸，絲氨酸—半胱氨酸)的突變，或許與家豬具有較強的沉脂能力相關(guān);多囊腎1樣蛋白2基因(PKD1L2)的錯義堿基突變(C-T)將導致蛋白相應位置氨基酸(蘇氨酸—異亮氨酸)的突變，或許與家豬退化的運動能力和重要肉質(zhì)性狀(肌內(nèi)脂肪含量)相關(guān)。

　　這項研究展示了全基因組從頭測序策略在變異檢測應用中的巨大優(yōu)勢，為個體基因組測序的變異檢測提供了新實例和新思路，同時也為豬遺傳育種研究提供了寶貴的基礎(chǔ)資源，有力推動了豬在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和生物醫(yī)學研究中的進一步應用。

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